Au 16ème siècle, en Europe, les idées réformatrices de Martin Luther ou Jean Calvin font leur chemin et l’Espagne, premier pays catholique de l’époque, décide, en réponse, d'envoyer des missionnaires en Asie. En 1549, le missionnaire chrétien espagnol Francisco Javier (Saint François Xavier) arrive à Satsuma (préfecture de Kagoshima) afin de christianiser le Japon. Il rencontre le seigneur de Shimazu, Shimazu Takahisa, au château de Tsurumaru. En échange de cadeaux, il obtient l'autorisation de propager le christianisme sur son domaine. Francisco Javier prodigue parfois des soins aux malades et attire aussi l’intérêt de certains par ses propos sur les avancées de la culture européenne. Les moines bouddhistes réclament l'interdiction de la christianisation et le bannissement du missionnaire, mais le seigneur ne réagit pas, pensant que les Japonais ne se convertiront pas si facilement. Son véritable but est d'amadouer les missionnaires afin de commercer avec l’Espagne. Un an après son arrivée, seules 100 personnes se sont converties au christianisme. En septembre 1550, il quitte Kagoshima pour Hirado, dont le seigneur, Matsura Takanobu, serait intéressé par le christianisme. Le seigneur de Hirado autorise la christianisation de la population, mais là encore, il s'agit d’amadouer le missionnaire pour pouvoir importer d’Europe, fusils, poudre, fer, plomb, remèdes, aromates et cotonnades. Dépité, Francisco Javier se rend à Kyōto pour rencontrer l’empereur et le shōgun. La ville ayant été dévastée au cours de la guerre d’Ōnin, il repart vers Yamaguchi, dans la partie ouest de l'île de Honshū. Il y rencontre Ōuchi Yoshitaka et lui offre des objets rares. En échange, le seigneur lui donne un temple pour le réaménager en église. Francisco Javier repart au bout de six mois. Il est invité à Bungo (préfecture de Ōita) par le daimyō Ōtomo Yoshishige puis rentre en Inde.
Plusieurs missionnaires lui succèderont. Grâce à leurs efforts, en 1582, plus de 120 000 personnes à Kyūshū et 25 000 dans le Kinki se convertissent au christianisme. Les chrétiens sont désignés par le terme portugais « cristão », japonisé en « kirishitan ». Certains daimyō, comme Takayama Ukon et Konishi Yukinaga, se convertissent au christianisme et sont appelés kirishitan-daimyō. Des écoles chrétiennes, seminario, sont construites dans l'ouest du Japon, ainsi que des hôpitaux et orphelinats. En 1582, les kirishitan-daimyō Ōmura Sumitada, Arima Harunobu et Ōtomo Sōrin envoient quatre garçons à Rome.
Au début de l'époque d'Edo, les missionnaires chrétiens viennent de plus en plus nombreux, pour évangéliser les Japonais. Ils prêchent l'égalité des Hommes devant Dieu, idée impensable pour les Japonais de l'époque, divisés en quatre castes et subordonnés au shōgun. Ils expliquent aux Japonais qu’ils vivront heureux s’ils croient en l’enseignement de Jésus et obéissent aux commandements de Dieu, quitte à désobéir au shōgun. Leurs idées s’opposant au régime hiérarchique japonais et à la politique du shōgun, en 1612, le shogunat d’Edo interdit le christianisme. Il ordonne aux chrétiens japonais de se reconvertir au bouddhisme. Les réfractaires sont condamnés à mort ou à l’exil. Takayama Ukon est par exemple exilé à Manille, aux Philippines. Le IIème shōgun Tokugawa, Hidetada, poursuit ce principe d'oppression des chrétiens. En 1622, il fait exécuter 55 Japonais convertis et missionnaires, à Nagasaki. Malgré cela, les chrétiens continuent secrètement à pratiquer leur foi en fabriquant des statues de la Vierge ressemblant à Kannon, déesse bouddhiste de la miséricorde. Ils sont surtout présents sur la côte ouest de Kyūshū : Nagasaki, Shimabara, Amakusa, Hirado et Gotō. En apparence, ils visitent les sanctuaires shintō et les temples bouddhistes, et possèdent un autel bouddhiste ou shintoïste chez eux. Cependant, ils cachent également un autel chrétien où ils prient devant une statue de Jésus vêtu et coiffé à la japonaise. Le IIIème shōgun Tokugawa, Iemitsu, entend régler définitivement le problème. Il offre de rémunérer les dénonciateurs de missionnaires et de chrétiens. En 1629, il traque les chrétiens en utilisant le fumi-e qui consiste à demander aux supposés chrétiens de piétiner une représentation de la Vierge ou de Jésus devant des officiers du shōgun ou un daimyō. Au moindre signe de refus, la personne, considérée comme chrétienne, est forcée d’abjurer, condamnée, voire exécutée. De nombreux chrétiens japonais sont arrêtés au moyen de dénonciations et de fumi-e. Entre autres, des crucifixions sont effectuées quotidiennement au village d’Arima, à l'extrémité sud de la péninsule Shimabara de Nagasaki.
En 1637, au village d’Amakusa, les paysans se révoltent à cause de l’oppression religieuse et du tribut excessif. Le mouvement est tout de suite connu dans l’ensemble de Shimabara. Leur chef, Amakusa Shirō Tokisada, est un jeune chrétien de seize ans, que les gens considèrent comme le fils de Dieu. En effet, un missionnaire venu dans la région auparavant, a prophétisé qu'elle se transformerait en enfer vingt-cinq ans plus tard et que le fils de Dieu viendrait sauver le peuple. La rébellion de Shimabara compte bientôt 38 000 rebelles, chrétiens comme paysans. Ils s’enferment dans le château de Hara qui appartenait au daimyō chrétien Arima Harunobu. Le shogunat envoie Itakura Shigemasa pour libérer le château, mais les rebelles résistent. Matsudaira Nobutsuna, un autre vassal du shōgun, assiège le château avec ses 120 000 soldats et empêche son ravitaillement. Au bout de deux mois, il fait appel à un vaisseau hollandais pour canonner le château. En 1638, Amakusa Shirō Tokisada meurt et les survivants du château de Hara capitulent. La rébellion de Shimabara est l’occasion pour le shogunat d’interdire le christianisme et d'instaurer une politique isolationniste, sakoku, en 1639.
De nos jours, le christianisme n'est bien sûr plus interdit, mais les chrétiens restent très largement minoritaires. Vous pourrez cependant voir quelques églises au cours de vos visites : la plus vieille église de Okayama, dans le quartier historique Koyagawa Bikan (Takahashi, préfecture de Okayama), l'ancienne cathédrale Saint François Xavier de Kyōto, à Meiji-mura (Inuyama, préfecture d'Aichi), ...
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